回到现代后，孙大宝和苏小宝以为一切尘埃落定。可不久后，研究基地的监测设备显示，时空波动出现了新的异常。原来，神秘势力虽被打败，但他们在秦朝进行的仪式还是留下了隐患，时空裂缝有扩大的迹象。孙大宝和苏小宝意识到，必须再次穿越回去，彻底修复时空漏洞。他们再次准备好穿越所需物品，重新启动时空波动装置。这一次，他们回到秦朝的时间点稍有不同，刚到便发现秦朝局势因他们上次的介入发生了微妙变化。他们一边寻找修复时空漏洞的方法，一边与新出现的因时空紊乱而产生的神秘力量周旋。在秦朝百姓和豪杰们的帮助下，他们找到了能稳定时空的神秘宝物。最终，他们利用宝物成功修复了时空漏洞，再次安全返回现代。此后，研究团队更加谨慎地推进研究，孙大宝和苏小宝也成为了时空穿越研究领域当之无愧的传奇。

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